熒光定量PCR儀有單通道，雙通道，和多通道。當(dāng)只用一種熒光探針標(biāo)記的時候，選用單通道，有多熒光標(biāo)記的時候用多通道。單通道也可以檢測多熒光的標(biāo)記的目的基因表達(dá)產(chǎn)物，因?yàn)橐淮沃荒軝z測一種目的基因的擴(kuò)增量，需多次擴(kuò)增才能檢測完不同的目的基因片段的量。熒光定量PCR儀比普通的PCR儀多了熒光信號采集系統(tǒng)和計算機(jī)分析處理系統(tǒng)，實(shí)時熒光定量PCR儀主要是用來定量分析和確定基因轉(zhuǎn)錄水平的，而普通的PCR儀是做定性分析和擴(kuò)增基因片段，定量PCR儀可以做普通PCR儀的工作，而反之就不行了，況且這樣代價太大了，一般的實(shí)驗(yàn)室都不允許這樣做的。總之兩者的功能不能互相取代。